L’invasion française a fait 700 morts bernois le 1^er mars 1798. De plus, 368 civils furent tués à Nidwald en septembre 1798 lors de la résistance du canton au changement.

« Une nouvelle constitution pour la République helvétique centralisée, écrite par Pierre Ochs à Paris sous la demande du Directoire, est entrée en vigueur en avril 1798. Les cantons, (jusque-là États indépendants) ont été rétrogradés au stade d’unités administratives et réorganisés selon l’exemple des départements français. Les cantons suivants, aujourd’hui disparus, furent créés : Léman, Oberland, Argovie, Waldstätte, Säntis, Linth, Thurgovie, Bellinzona, Lugano, Rhétie, Baden et Fricktal. Genève et le Jura avec Bienne ont été intégrés à la France ; Neuchâtel est restée prussienne, mais n’avait plus de lien avec la Suisse.

Les différences de statuts entre les cantons, les territoires vassaux et les baillages communs ont été abolis. La Diète fédérale, assemblée des députés des cantons, a été remplacée par un parlement à deux chambres avec des députés élus indirectement et un directoire de 5 membres officiait comme gouvernement dès la création de la République en 1798. Par la démocratie représentative, les citoyens élisaient les autorités cantonales et centrales. Les cantons envoyaient 4 députés au Sénat, 8 au Grand Conseil et un juge au Tribunal suprême. Le Directoire exécutif (5 membres) avait l’aide de 4 ou 6 ministres. Les préfets nationaux, les sous-préfets et les agents nationaux répondaient au Directoire. Les cantons n’avaient plus d’organes législatifs. Ils étaient dirigés par des Chambres administratives de 5 membres chacune. Le français, l’allemand et l’italien furent reconnus comme langues officielles.

Bien que le gouvernement soit resté entre les mains des Suisses, le pays a dû accepter quelques mesures imposées par les Français, comme l’obligation d’héberger les soldats français et de leur fournir la nourriture, ainsi que les autoriser à utiliser la Suisse comme pays de transit. » (Suisse tourisme, 2020).

« Bonaparte retire les troupes d’occupation en août 1802. Il impose une armistice à fin septembre 1802 et donne aux Suisses l’acte de Médiation (février 1803). Sous la Médiation, les rapports entre la Suisse et Napoléon sont tendus, que ce soit à propos des troupes à fournir, du Blocus continental, de la violation de la neutralité (1809), de la satellisation de Neuchâtel et de l’annexion du Valais (1810). À l’exception des soldats dont il reconnaît la bravoure et la fidélité, Napoléon méprise les Suisses et les menace plusieurs fois d’annexion.» (La rédaction, 2010).

La Suisse a donc été contrainte d’abandonner sa neutralité au profit d’une alliance avec la France. La nouvelle République met en place la séparation des pouvoirs législatifs (Parlement), exécutifs (Gouvernement) et judiciaires (responsable de l’application des lois). » (Suisse Tourisme, 2020). Louis d’Affry, fribourgeois, est le premier Landamann (chef d’État) Suisse. Il fut nommé le 4 juillet 1803.