Historiquement, l’évolution du protestantisme va de pair avec l’évolution politique de la Suisse. Durant le 16^ème siècle, les idées luthériennes prennent de la place et mènent à l’adoption de la Réforme dans les grandes villes et les cantons les plus importants, tandis que les cantons ruraux et montagnards restent fidèles au catholicisme. En suit des guerres entre les deux religions en 1529 avec la première guerre de Kappel, puis la deuxième en 1531. À cette période, le catholicisme l’emporte sur le protestantisme, malgré la présence d’une plus grande population de protestants. Les tensions augmentent entre les deux religions ; certains protestants persécutés se réfugient dans des cantons à majorité protestante. Finalement, la guerre du Sonderbund éclate en 1847, résultant à la victoire des protestants. L’État fédéral suisse est créé ainsi en 1848. En 1907, l’Église est séparée de l’État pour encourager la laïcisation. De plus, les Églises réformées cantonales sont différentes les unes des autres et ont des statuts différents à travers la Suisse. Elles sont gérées par la Fédération des Églises protestantes en Suisse depuis 1920.